Im Hofspielhaus war er unter anderem bei Leberkäs-Porno zu sehen und spielte den Jedermann in der gleichnamigen Eigenproduktion.
Markus Böker studierte an der Hochschule der Künste Berlin. Danach spielte er in verschiedenen Theaterproduktionen an Münchner Off-Theatern. Kurz darauf erhielt er Fernsehrollen in Serien wie Der Bulle von Tölz und Sinan Toprak ist der Unbestechliche und kleinere Auftritte in TV-Filmen. Ab 2001 war er als Kriminalkommissar Ulrich Satori einer der beiden Hauptdarsteller der ZDF-Serie Die Rosenheim-Cops. Nach 54 Folgen und 2 Spielfilmen der Serie stieg er Ende 2004 aus.
Böker war von 2009 bis 2010 in der Serie Forsthaus Falkenau in der Rolle des Max Bachhofer zu sehen.
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